Излагается подход к анализу процессов структурных перестроек в экономике, в котором синтезирована методология математического моделирования сложных систем, развитая в естественных науках, и достижения современной экономической теории. В рамках этого подхода построены замкнутые математические модели, описывающие механизмы регулирования производства и обращения на последовательных этапах перестройки экономики СССР и реформирования экономики России. Дается обзор результатов исследований моделей, которые помогли глубже понять природу экономических структур, возникавших по ходу перестройки и реформы, достаточно точно воспроизвести временные ряды макроэкономических показателей, характеризующих состояние экономики, а также правильно спрогнозировать последствия важных макроэкономических решений.