Описание полной эколого-экономической модели для проведения исследований на качественном уровне требует описания какой-либо модели экосистемы, во-первых, правильно отражающей характерные времена эволюции экосистем и, во-вторых, подверженной внешним по отношению к ней воздействиям со стороны модели экономики. Конкретные модели экосистем строятся на основе описания круговорота основных биогеохимических элементов: азота, углерода, кислорода, фосфора и т.д. Наибольшее развитие получили модели, в основе которых лежит углеродный цикл.

В качестве такой модели в данном разделе была представлена модель конкретной экосистемы: лесной, - что позволяет содержательно корректно увязать экономические и экологические характеристики. Например, в качестве природного ресурса, необходимого в производстве, в случае лесной экосистемы естественно использовать древесину, которая пропорциональна массе углерода, содержащейся в стволах и корнях деревьев. Антропогенное восстановление возобновимого природного ресурса в данной модели интерпретируется, как посадка деревьев, а выбросы вредных промышленных отходов угнетают рост растительности.

Всем параметрам модели удалось дать четкую интерпретацию, что позволяет надеяться на возможность в принципе измерить эти параметры. Качественное поведение упрощенного варианта модели лесной экосистемы не отличается от поведения исходной модели, а небольшие количественные различия возникают только в ситуациях, которые в исходной модели не идентифицировались.